沙眼衣原体是宫颈最常见的感染部位，可引起宫颈炎症，表现为白带增多、宫颈充血、接触性出血等症状，如不及时诊治，进一步上行感染至子宫、 输卵管、盆腔，引发子宫宫颈内膜炎、输卵管炎、盆腔炎、下腹痛、腰痛、性交痛等，造成不孕、宫外孕等并发症； 尿路感染，出现尿频、尿急、尿痛。如果感染了尿道，就会引起尿频、尿急、尿痛等症状。

沙眼衣原体可导致尿道炎、附睾炎、前列腺炎等，引发相应症状，并可能影响精子质量，影响生育。

沙眼衣原体感染也存在无症状感染，女性宫颈、男性尿道感染几乎半数以上无症状。